Cell | 籼稻粳稻杂种不育分子机理 水稻(Oryza sativa)是亚洲地区最重要的粮食作物之一,其亚种间的杂交不育问题长期以来限制了杂交优势的利用。籼稻(indica)和粳稻(japonica)作为水稻的两个主要亚种,其杂交后常表现出雄性不育现象,这一现象被认为是物种形成和生殖隔离的重要机制。近年来,研究者们陆续克隆了多个控制水稻杂交不育的基因座,这些基因座通常通过“toxin-antidote”或“killer-protect 2025-03-05 文献解读 > 2024 中国农业科学重大进展 #水稻 #籼粳杂交不育 #RHS12 #2024中国农业科学重大进展
Sci. Adv | 一个稀有的 DYSOC1 等位基因可以影响种皮颜色并提高含油量 甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是重要的油料作物之一。已有研究表明,黄籽油菜比黑籽油菜有更高的含油量,同时具有更低木质纤维素含量、皮壳率以及原花青素含量,其生产的菜籽油在市场上更受欢迎。然而具有显性黄籽表型等位基因的种质资源十分稀少,阻碍了黄籽油菜品种的选育。 2025年1月3日,华中科技大学栗茂腾教授和华中农业大学张椿雨教授为共同通讯作者在 Science Advance 期刊发 2025-01-16 文献解读 #eQTL #甘蓝型油菜
R绘图 | mummer比对可视化 📌 更新说明(2025-10-31) mummerCoordsPlot.R 已经整合到 AlignmentDotPlot.R 中,AlignmentDotPlot.R 新增 minimap2 比对结果(paf文件)可视化功能。 The MUMmer system and the genome sequence aligner nucmer included within it are am 2024-12-07 技术分享 #R #绘图 #mummer #可视化
R绘图 | ggrastr:位图矢量图可以兼得 R 语言绘图导出时我们可以选择矢量图,清晰且放大不失真,但是当图中元素太多时会导致导出文件太大并且打开查看时也不太方便;那么也可以选择位图,不管图中元素有多少,在一定分辨率下图片大小不会有太大差别,但是图中的注释或一些文字信息就会失真。以下面这个曼哈顿图为例,如果全用矢量图那么肯定会给存储、编辑、查看带来不便。一个合理的方案是将图片中主体部分变成位图,也就是栅格化,坐标轴阈值线等等其他部分保持不变 2024-03-15 技术分享 #R #绘图
金庸武侠编年史 金庸(原名查良镛,Louis Cha)一共写过十五部武侠小说,其中十四部在《鹿鼎记·后记》中取书名首字总结为一副对联:“飞雪连天射白鹿,笑书神侠倚碧鸳”,再加上一个短篇《越女剑》[1]。 这些小说的版本有连载版、三联版和新修版。 连载版:金庸的武侠小说最初是通过报纸、杂志等媒体逐章连载的,从 1955 年开始写《书剑恩仇录》到 1970 年写《越女剑》,共历时十五年。 三联版:通常也叫做“修订版 2023-12-22 #金庸
QTL-seq系列 | 使用easyQTLseq进行QTL-seq分析 window.addEventListener('DOMContentLoaded', (event) => { const codeBlocks = document.querySelectorAll('pre code'); const maxLines = 10; // 设置最大行数 codeBlocks.forEach((codeBlock) => { 2023-11-07 技术分享 #R #QTL-seq #BSA #easyQTLseq
Plant Commun. | 甘蓝型油菜功能基因组学研究的模式材料-小芸 甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是一种在世界范围内广泛种植的重要的油料作物,与模式植物拟南芥同属十字花科。甘蓝型油菜是由白菜和甘蓝在 ~7,500 年前种间杂交加倍后形成的,由于其祖先种白菜和甘蓝在物种形成过程中经历过多次基因组加倍事件,种间杂交加倍后又发生一系列基因保留和丢失事件,因此甘蓝型油菜基因组极其复杂,基因拷贝数高,这些特性极大地阻碍了油菜功能基因组学研究进展。 2023 2023-10-03 文献解读 #甘蓝型油菜
PNAS | 番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱 再生芽的从头器官发生(De novo shoot organogenesis, DNSO)是植物再生的重要过程,包括愈伤组织的形成和再生芽的产生。拟南芥作为模式植物,其 DNSO 过程已经得到广泛研究,已经发现了许多关键的转录因子、激素和标记基因在这个过程中的调控作用。除此之外,光照可以促进再生芽形成,而光信号通路的核心组分 HY5 可以抑制再生芽的形成,这表明光促进再生芽形成可能不是依赖 HY5 2023-09-20 文献解读 #番茄 #植物再生 #空间转录组
使用chatGPT绘制基因共表达网络图 ChatGPT 是一款强大的语言模型,不仅可以回答问题和进行对话,还可以辅助编写代码。通过提供清晰的问题或指令,可以从 ChatGPT 获得代码段、算法示例以及编程建议。它支持多种编程语言和领域,为编程任务提供快速而可靠的帮助,无论是解决问题、学习新技术还是优化代码结构,ChatGPT 都能助你一臂之力。 我们以绘制基因共表达网络图为例展示 chatGPT 在写代码方面的作用。首先提出问题“绘制共 2023-08-26 技术分享 #R #绘图 #chatGPT