R绘图 | ggrastr:位图矢量图可以兼得 R语言绘图导出时我们可以选择矢量图,清晰且放大不失真,但是当图中元素太多时会导致导出文件太大并且打开查看时也不太方便;那么也可以选择位图,不管图中元素有多少,在一定分辨率下图片大小不会有太大差别,但是图中的注释或一些文字信息就会失真。以下面这个曼哈顿图为例,如果全用矢量图那么肯定会给存储、编辑、查看带来不便。一个合理的方案是将图片中主体部分变成位图,也就是栅格化,坐标轴阈值线等等其他部分保持不变。 2024-03-15 技术分享 #R #绘图
金庸武侠编年史 金庸(原名查良镛,Louis Cha)一共写过十五部武侠小说,其中十四部在《鹿鼎记·后记》中取书名首字总结为一副对联:“飞雪连天射白鹿,笑书神侠倚碧鸳”,再加上一个短篇《越女剑》[1]。 这些小说的版本有连载版、三联版和新修版。 连载版:金庸的武侠小说最初是通过报纸、杂志等媒体逐章连载的,从1955年开始写《书剑恩仇录》到1970年写《越女剑》,共历时十五年。 三联版:通常也叫做“修订版”,是指 2023-12-22 #金庸
QTL-seq系列 | 使用easyQTLseq进行QTL-seq分析 window.addEventListener('DOMContentLoaded', (event) => { const codeBlocks = document.querySelectorAll('pre code'); const maxLines = 10; // 设置最大行数 codeBlocks.forEach((codeBlock) => { 2023-11-07 技术分享 #R #QTL-seq #BSA #easyQTLseq
Plant Commun. | 甘蓝型油菜功能基因组学研究的模式材料-小芸 甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是一种在世界范围内广泛种植的重要的油料作物,与模式植物拟南芥同属十字花科。甘蓝型油菜是由白菜和甘蓝在~7,500年前种间杂交加倍后形成的,由于其祖先种白菜和甘蓝在物种形成过程中经历过多次基因组加倍事件,种间杂交加倍后又发生一系列基因保留和丢失事件,因此甘蓝型油菜基因组极其复杂,基因拷贝数高,这些特性极大地阻碍了油菜功能基因组学研究进展。 2023年9 2023-10-03 文献解读 #甘蓝型油菜
PNAS | 番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱 再生芽的从头器官发生(De novo shoot organogenesis, DNSO)是植物再生的重要过程,包括愈伤组织的形成和再生芽的产生。拟南芥作为模式植物,其DNSO过程已经得到广泛研究,已经发现了许多关键的转录因子、激素和标记基因在这个过程中的调控作用。除此之外,光照可以促进再生芽形成,而光信号通路的核心组分HY5可以抑制再生芽的形成,这表明光促进再生芽形成可能不是依赖HY5介导的光信 2023-09-20 文献解读 #番茄 #植物再生 #空间转录组
使用chatGPT绘制基因共表达网络图 ChatGPT是一款强大的语言模型,不仅可以回答问题和进行对话,还可以辅助编写代码。通过提供清晰的问题或指令,可以从ChatGPT获得代码段、算法示例以及编程建议。它支持多种编程语言和领域,为编程任务提供快速而可靠的帮助,无论是解决问题、学习新技术还是优化代码结构,ChatGPT都能助你一臂之力。 我们以绘制基因共表达网络图为例展示chatGPT在写代码方面的作用。首先提出问题“绘制共表达网络图” 2023-08-26 技术分享 #R #绘图 #chatGPT
Nat Commun. | 黄瓜graph-based pangenome与黄瓜农艺性状和驯化相关结构变异 黄瓜(Cucumis sativus L.)是主要的蔬菜作物之一,也是植物性别决定和维管发育研究的模式植物。通过将自然群体重测序数据比对到单个基因组鉴定了黄瓜群体变异信息,以此研究了黄瓜的驯化历史和挖掘重要农艺性状相关基因。然而大片段结构变异(SV)的鉴定和研究仍然欠缺,需要进一步构建泛基因组增强SV的检测效果,进而促进黄瓜驯化和重要农艺性状相关SV研究。 11个黄瓜品种的基因组组装 作者根据1 2023-08-15 文献解读 #基因组 #结构变异 #泛基因组 #黄瓜
R绘图 | 如何改变circos图中不同track中sector间的比例 实际案例及问题 我们先看文章中的例子。在下图中最外两层分别表示了遗传连锁图和物理图(基因组),中间连线代表构图标记在遗传图和物理图上位置的对应关系。我们可以看到不同染色体间的长度比例和不同连锁图间的长度比例是相同的,但是这一点显然和实际情况不符。这幅图是由circos软件绘制,造成上述比例问题的原因可能是circos并不能改变不同track的比例,或者有改变比例的设置方法但作者并不知道。 解决方 2023-06-27 技术分享 #R #绘图 #circos
R语言 | shiny基础(一):shiny用户界面(UI) 书接上文,我们已经了解shiny的主体结构,今天详细讲一讲用户界面(ui)部分。ui是shiny web应用展示给用户的界面,那如何控制ui的布局并向其中插入图片、表格、文字等各种元素呢? 布局 shiny使用fluidPage函数创建ui布局。 12345678ui <- fluidPage( titlePanel("title panel"), sidebarLa 2023-06-02 技术分享 #R #shiny