Cell | AI 预测蛋白质结构揭示脱氨酶功能及其基因编辑应用 脱氨酶(Deaminase)是一类催化核苷酸和碱基脱氨的酶,广泛参与突变、核苷酸代谢以及基因编辑等重要生物学过程。近年来,脱氨酶在单碱基编辑技术中的应用受到了广泛关注。然而,传统的蛋白功能挖掘主要依赖于氨基酸序列信息,难以全面揭示脱氨酶的进化关系和功能特性。 2023 年 7 月,Cell 期刊在线发表了中科院遗传发育所高彩霞团队题为《Discovery of deaminase function 2025-03-12 文献解读 > 2024 中国农业科学重大进展 #2024中国农业科学重大进展 #基因编辑 #AI
Cell | 籼稻粳稻杂种不育分子机理 水稻(Oryza sativa)是亚洲地区最重要的粮食作物之一,其亚种间的杂交不育问题长期以来限制了杂交优势的利用。籼稻(indica)和粳稻(japonica)作为水稻的两个主要亚种,其杂交后常表现出雄性不育现象,这一现象被认为是物种形成和生殖隔离的重要机制。近年来,研究者们陆续克隆了多个控制水稻杂交不育的基因座,这些基因座通常通过“toxin-antidote”或“killer-protect 2025-03-05 文献解读 > 2024 中国农业科学重大进展 #水稻 #籼粳杂交不育 #RHS12 #2024中国农业科学重大进展
Sci. Adv | 一个稀有的 DYSOC1 等位基因可以影响种皮颜色并提高含油量 甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是重要的油料作物之一。已有研究表明,黄籽油菜比黑籽油菜有更高的含油量,同时具有更低木质纤维素含量、皮壳率以及原花青素含量,其生产的菜籽油在市场上更受欢迎。然而具有显性黄籽表型等位基因的种质资源十分稀少,阻碍了黄籽油菜品种的选育。 2025年1月3日,华中科技大学栗茂腾教授和华中农业大学张椿雨教授为共同通讯作者在 Science Advance 期刊发 2025-01-16 文献解读 #eQTL #甘蓝型油菜
R绘图 | mummer比对可视化 The MUMmer system and the genome sequence aligner nucmer included within it are among the most widely used alignment packages in genomics. ——Marçais, Guillaume et al., 2018, PLoS computational biolog 2024-12-07 技术分享 #R #绘图 #mummer #可视化
R绘图 | ggrastr:位图矢量图可以兼得 R 语言绘图导出时我们可以选择矢量图,清晰且放大不失真,但是当图中元素太多时会导致导出文件太大并且打开查看时也不太方便;那么也可以选择位图,不管图中元素有多少,在一定分辨率下图片大小不会有太大差别,但是图中的注释或一些文字信息就会失真。以下面这个曼哈顿图为例,如果全用矢量图那么肯定会给存储、编辑、查看带来不便。一个合理的方案是将图片中主体部分变成位图,也就是栅格化,坐标轴阈值线等等其他部分保持不变 2024-03-15 技术分享 #R #绘图
金庸武侠编年史 金庸(原名查良镛,Louis Cha)一共写过十五部武侠小说,其中十四部在《鹿鼎记·后记》中取书名首字总结为一副对联:“飞雪连天射白鹿,笑书神侠倚碧鸳”,再加上一个短篇《越女剑》[1]。 这些小说的版本有连载版、三联版和新修版。 连载版:金庸的武侠小说最初是通过报纸、杂志等媒体逐章连载的,从 1955 年开始写《书剑恩仇录》到 1970 年写《越女剑》,共历时十五年。 三联版:通常也叫做“修订版 2023-12-22 #金庸
QTL-seq系列 | 使用easyQTLseq进行QTL-seq分析 window.addEventListener('DOMContentLoaded', (event) => { const codeBlocks = document.querySelectorAll('pre code'); const maxLines = 10; // 设置最大行数 codeBlocks.forEach((codeBlock) => { 2023-11-07 技术分享 #R #QTL-seq #BSA #easyQTLseq
Plant Commun. | 甘蓝型油菜功能基因组学研究的模式材料-小芸 甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是一种在世界范围内广泛种植的重要的油料作物,与模式植物拟南芥同属十字花科。甘蓝型油菜是由白菜和甘蓝在 ~7,500 年前种间杂交加倍后形成的,由于其祖先种白菜和甘蓝在物种形成过程中经历过多次基因组加倍事件,种间杂交加倍后又发生一系列基因保留和丢失事件,因此甘蓝型油菜基因组极其复杂,基因拷贝数高,这些特性极大地阻碍了油菜功能基因组学研究进展。 2023 2023-10-03 文献解读 #甘蓝型油菜
PNAS | 番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱 再生芽的从头器官发生(De novo shoot organogenesis, DNSO)是植物再生的重要过程,包括愈伤组织的形成和再生芽的产生。拟南芥作为模式植物,其 DNSO 过程已经得到广泛研究,已经发现了许多关键的转录因子、激素和标记基因在这个过程中的调控作用。除此之外,光照可以促进再生芽形成,而光信号通路的核心组分 HY5 可以抑制再生芽的形成,这表明光促进再生芽形成可能不是依赖 HY5 2023-09-20 文献解读 #番茄 #植物再生 #空间转录组